Францисканский монастырь Сан Сальваторе был построен на западной стороне крепости Ханьи в три этапа, начиная с 15 века до середины 17-го. Обширная реставрация позволила более точно определить этапы создания уникального памятника культуры, а также  отобразить строгую и лаконичную архитектуру того времени.
К середине 17-го века церковь была расширена до своего окончательного состояния.
Когда Крит находился под влиянием турков, церковь была переделана в мечеть